区域经济创新系统是区域竞争力的重要来源,而产学研合作是提高区域创新能力的关键。我国当前区域创新体系中产学研合作模式尚存在一些不足,如市场企业主体拉动模式和当前国内企业发展水平还无法真正匹配,以及具有较为明显的短期行为特征等。就日本以地域共同研究中心为主体的产学研合作成功模式的经验而言,结合当前我国的实际,在区域创新体系建设中,应把以高校为主的技术创新推动模式与以企业为主的市场化推动模式结合起来,选择区域内产学研形成联盟的创新驱动与需求拉动的双重带动路径。基于区域创新能力的产学研合作新模式,应从内部建立动力机制、利益分配机制、组织机制,从外部建立社会机制、政策机制、调节机制,以促进产学研联盟的调控体系充分发挥创新效应。